Eu também já tentei isso por que na Locaweb eles oferecem um RoundCube com o logotipo deles como serviço de email, mas não consegui por que apesar de ser uma coisa relativamente simples precisa de um acesso completo do servidor. Geralmente em planos de hospedagem simples ou planos de Revenda não temos acesso root para conseguir alterar esse arquivo.
Estou tentando mudar de serviço por que estou sendo extorquido atualmente com meu fornecedor, talvez no próximo eu voltarei a tentar essa customização.