¿Que aplicación requiere solo unos KB? Incluso la configuración básica para crear el sitio en Apache, archivos de config de cPanel, etc, ya requieren un par de KB.
No es posible crear paquetes inferiores a 1 MB porque 1 MB ya es sumamente pequeño, como procederías a medir el consumo de espacio si el mínimo es 1 MB? De hecho nada de te va a funcionar con planes de 1 MB.
Respecto a tu plan de crear muchos paquetes gratuitos estas haciendo grandes errores de calculo. Incluso si cPanel te permite crear planes de 1 MB, cada sitio web cuando alguien ejecute un solo archivo PHP necesita memoria, y no creo que tu servidor tenga memoria ilimitada. Solo podrás meter la cantidad de cuentas que tu servidor aguante en terminos de hardware, Apache, Exim, etc, se estrellaran mucho antes de que consumas todo tu espacio, con muchas cuentas la configuracón de Apache en si será tan grande que tardara mucho en arrancar si no tienes memoria suficiente se estrellara.
Lo que deseo decirte es que es ridículo crear paquetes de 1 MB. Tendrás muchos otros problemas mucho antes que llenar tu espacio con paquetes a 1 MB cada uno. Suerte!