Una forma de hacer lo es que vayas en el WHM a la opción que dice SERVER CONFIGURATION, luego en EXIM CONFIGUTARION EDITOR luego en la pantalla que aparece presionas en ADVANCED EDITOR y buscas lo siguiente:
deny message = We do not accept ".$found_extension" attachments here. If you meant to send this file then please package it up as a zip file and resend it.
demime = ade:adp:bas:bat:chm:cmd:com:cpl:crt:eml:exe:hlp:hta:inf:ins:isp:jse:lnk:mdb:mde:msc:msi:msp:pcd:pif:reg:scr:sct:shs:url:vbs:vbe:wsf:wsh:wsc
y agregar en la úlitma linea lo que deseas filtrarr, ejemplo
demime = ade:adp:bas:bat:chm:cmd:com:cpl:crt:eml:exe:hlp:hta:inf:ins:isp:jse:lnk:mdb:mde:msc:msi:msp:pcd:pif:reg:scr:sct:shs:url:vbs:vbe:wsf:wsh:wsc:mp3
Luego vas al final de la pantalla y presionas en save.
Disculpa si mucho de esto lo sabes, pero parto del principio de que nuncas haz modificado la configuración del exim para tratar de explicarme de la mejor manera.
Espero te sirva.