Perzonalizar RoundCube

Esas carpetas solo son accesibles como administrador del sistema, vía cónsola de comandos. El software de terceras partes solo es configurable con las opciones que ellos te facilitan en las interfaces web de los mismos programas. Supongo que con acceso root se podrán cambiar los archivos html correspondientes, pero cada vez que cPanel haga una actualización de esos programas, los cambios se te irían a paseo. No hay previsto, que yo sepa, algo como el "branding" del mismo cPanel.

Saludos,